El origen de las imágenes se remonta al año 1592, época en que el Obispo de Tucumán fray Francisco de Victoria concretara la donación al pueblo de Salta de la imagen de Cristo crucificado, cuyo destino sería la Iglesia Matriz de la ciudad. La llegada a tierras americanas de la imagen fue según los relatos auténticamente milagrosa.En junio de 1592 la imagen llegó flotando en un cajón al puerto de El Callao, Perú, junto a otro que contenía una imagen de la virgen del Rosario destinada al convento de Sto. Domingo, en Córdoba. Jamás se supo qué embarcación las trajo desde España.
Desde Lima emprendieron viaje a su destino a lomo de mula y una vez en Salta, la imagen del Cristo fue depositada en la sacristía de la iglesia matriz y no fue objeto de veneración por espacio de cien años.
En el año 1692 la imagen de Inmaculada Concepción de María, que luego se llamaría Virgen del Milagro, se encontraba a tres metros de altura en un nicho del retablo del Altar Mayor.
